Las aportaciones que se realizaron durante los siglos XVII y XIX significaron grandes avances, que ayudaron a mejorar el nivel de vida de la gente y ya son parte de los conocimientos que de manera cotidiana empleamos. Ahora sabemos que los microorganismos se encuentran en todas partes, pero antes de la invención del microscopio eran desconocidos. Miles de personas morían en las epidemias cuyas causas se desconocían.
La primera persona en describir los microorganismos en detalle fue el holandés Antón von Leeuwenhoek con 1684, al examinar el agua de la lluvia, de mar, de río, saliva y otras sustancias, y los llamó animálculos. Se empezó a especular sobre el origen de estos organismos.
Fue Louis Pasteur, quien desmintió a teoría de generación espontánea en 1864, dos siglos después, y empezó a estudiar el papel de los microorganismos en la producción del vino y como causa de enfermedades. Robert Koch, contemporáneo de Pasteur, descubrió que las bacterias pueden actuar como agentes específicos de las enfermedades infecciosas. Él y sus colaboradores descubrieron que las bacterias que causan tuberculosis y el cólera.
Con el conocimiento de que los microorganismos causaban enfermedades, los científicos se dedicaron a investigar cómo prevenirlos y contraatacarlos. Las vacunas fueron descubiertas antes de los estudios de Pasteur y Koch, por Edward Jenner en 1771, a partir de unos experimentos que realizaban con gérmenes de la viruela que atacaba a la vaca, pero hacía inmunes a esta enfermedad a los trabajadores de las granjas. Un momento importante ocurre en 1928, cuando Alexander Fleming descubre accidentalmente la penicilina, en el curso de sus investigaciones sobre la gripe; hoy es una sustancia ampliamente utilizada en el tratamiento de las enfermedades infecciosas.
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